AUTOGRAFI
London, British Library
Vita divi Hieronymi (Ms. Add. 18.029)
Oxford, Bodleian Library
In epigrammata priscorum commentarius (Ms. Add. A. 25)
Pariz, Bibliotheque Nationale
Marulićevi sažetci uz Katula – Claudiani poetae de Pho<e>nice Carmen (Lat. 7989) (digitalizat ovdje)
Rim, Biblioteca Nazionale Centrale Vittorio Emanuele II
Repertorium (MS Gesuitico 522)
Rim, Biblioteca Vallicelliana
Poslanica Tomi Nigeru
Dialogus de Hercule a Christicolis superato
De Viris illustribus Veteris testamenti commentarius (F 98) (opis ovdje)
Split, Knjižnica dominikanskog samostana
Prijepis traktata Bartolomea della Fonte o rimskim mjerama (na kraju knjige: Tortellius Ioannes: De ortographia dictionum e Graecis tractarum, Ink. 4)
Torino, Biblioteca Nazionale
Davidiadis carmen
Principium operis Dantis Aligerii de fluentino sermone in latinum conversum per M. Marulum (G-VI/40)
Venecija, Archivio di Stato
Pisma Jakovu Grasolariju
Pisma Jelonimu Cipiku (Not. Atti Jacopo Grassolario, nro. 2557)
Više podataka o Marulićevim autografima dostupno je ovdje.
PRIJEPISI
Beč, Bibliotheca Caesarea Viennensis
In epigrammata priscorum commentarius (Manuscripta M. Foscariniana. Cod. Cart. 6732)
Regum gesta (posveta Papaliću) (Cod. 4498)
Beograd, Biblioteca Nazionale
Regum Dalmatiae, et Croatiae historia (R 570)
Camaldoli, Archivio del Sacro Eremo
De rebus gestis Croatiae Dalmatiaeque regum (1116. cart. misc. XVIII)
Darmstadt, Universitäts- und Landesbibliothek
De institutione benevivendi; Evangelistarium (ulomci) (Hs 1445) (opis ovdje)
Dubrovnik, Knjižnica samostana Male braće
Versi Dobri nauci (ulomak) (Ms. 397 / 141); De veritate et mendacio officioso [ulomak iz De institutione bene vivendi u stihovima Ilije Crijevića] (Ms. 409 e 195)
M. Marulus adolescens Dalmata / Ignotus ad te litteras scribo (poslanica Jurju Šižgoriću) (Ms. 1196)
Firenca, Biblioteca Mediceo-Laurenziana
Plaçu suud hodecchi / minuto xiuglienie (Marulićev prijevod Petrarkina soneta CCCLXV – I’ vo piangendo i miei passati tempi) (Ashb/urnham/ 1582)
Glasgow, University Library
In priscorum epigrammata commentarius;
Epigrammata (Hunter 334 / U. 8.2) (kataloški opis ovdje)
Madrid, Biblioteca Nacional
Versos de M. Marulo (španjolski prijevod Marulićeve Carmen de doctrina) (Catal. 19008)
Milano, Biblioteca Ambrosiana
De gestis regum Dalmatiae et Croatiae Regum gesta (S. 98 sup. misc. XVI)
Modena, Biblioteca Estense Universitaria
Carmen de doctrina (fondo Campori 50 / Gamma F 3, 7)
Pariz, Bibliotheque Nationale
Sur celluy du Cruxifils (francuski prijevod Marulićeve Carmen de doctrina) (Ms. 12.487)
Prag, Sveučilišna knjižnica
Historiae aneb kniha o ustanovení a řízení pobožného života (Institucija) (XVIL D. 14) (kataloški opis ovdje)
Rim, Archivio Societatis Jesu
Istituzione del buono e beato vivere (101. G. 25)
Rim, Biblioteca Alessandrina
Carmen de doctrina Domini nostri Iesu Christi (MS. 192)
Rim, Biblioteca Apostolica Vaticana
In priscorum epigrammata commentarius (Vat. Lat. 5249) (digitalizat ovdje)
Regum Dalmatiae gesta (Vat. Lat. 6958) (digitalizat ovdje)
Regum Dalmatiae et Croatiae gesta (Vat. Lat. 7019) (digitalizat ovdje)
Rim, Biblioteca Vallicelliana
Regum gesta
Sevilla, Biblioteca Colombina
Panegyris ad Jo. Ant. Dandulum (samo prvi stih i početak drugoga) (10808)
Split, Archeološki muzej
Marci Maruli responsio (dvije pjesme Franji Božićeviću) (49 h 17)
Split, Državni arhiv
Aliud eiusedem (Marulićev epitaf Žarku Dražojeviću – osobni arhivski fond Mate Ivčevića, Miscellanea lib. X /inv. br. 452, f. 149 v)
Split, Sveučilišna knjižnica
Marci Maruli responsio (dvije pjesme Franji Božićeviću) (M – 35)
Trier, Stadtbibliothek
Institucija (ulomci) (HS. 1221/617) (kataloški opisi ovdje i ovdje)
Trogir, Kaptolska knjižnica
Hrvatski stihovi (Splitska pjesmarica trogirskoga kaptola)
Trogir, Muzej grada
In Bartholomęum Averoldum (fond Garagnin-Fanfogna)
Venecija, Biblioteca Giustiniani Recanati
De rebus gestis Chroatiae Dalmatiaeque Regum (N. 865 Classe VI, cod. XII)
Venecija, Biblioteca Marciana
Ad Dominicum Papalem in epigrammata priscorum commentarius (Lat Class. XIV. Cod. 112. 99. 3 / = 4283)
Epigramma: Stoici / Epicurei (Cod. Marc. Lat. XIV, 2 / = 4590)
In Medicen Leonem decimum P. M. (Class. XII. Cod 176 / = 4688)
Chronicon Slavorum Latine translatum a Domenico Papali (Cod. It Cl. XI. 246 / = 6806)
De ultimo Christi iudicio M. Maruli sermo et carmina (Class. XIV. Cod. 181 / = 4668) (digitalizat ovdje)
In epigrammata priscorum commentarius (It. XI, 67 (=4351), ff. 160-173)
Venecija, Museo Correr
Regum gesta
Verona, Biblioteca Capitolare
De Institutione (ulomci) (Cart. Misc. Cod. CCXXVII / 354)
Vicenza, Biblioteca civica Bertoliana
Ad Dominicum Papalem in epigrammata priscorum comentarius (ms. 842) (opis ovdje)
Zagreb, Arhiv Hrvatske akademije znanosti i umjetnosti
Carmen de Doctrina Christi;
Ex Maruli Latino carmine / Ab Italico Petrarche traducta (prijevod na hrvatski Ivana Dražića) (I c 64)
Testamentum Marci Maruli (IV d 52 a)
Lettera sulle antichità di Salona (ulomci) (II d 161)
Vartal Petra Lucića (sadrži Marulićeve pjesme) (IV a 31)
Lulićev rukopis (sadrži Marulićeve pjesme) (I b 83)
Kukuljevićev rukopis (sadrži Marulićeve pjesme) (I b 126)
Oficij BDM (I a 5)
Govoren’je duše osujene i odgovor Isusov = Plač duše ka e u pakal osujena [Vranićev zbornik, sadrži Marulićeve pjesme] (III a 33)
Osorsko-hvarska pjesmarica (sadrži Marulićeve pjesme) (I a 62)
Zagreb, Državni arhiv
O slaviću (Marulićev prijevod pjesme sv. Bonaventure; mss. 221)
Zagreb, Gradska knjižnica
Od naslidouanja Isukrstova (Marulićev hrvatski prijevod djela De imitatione Christi)
Zagreb, Nacionalna i sveučilišna knjižnica
Od naslidouania Isucharsta (Marulićev hrvatski prijevod djela De imitatione Christi) (R 4903)
Dvije poslanice Katarini Obirtić (R 3171)
Judita (R 3642)
Hrvatski stihovi [Zbornik pjesama Marka Marulića] (R 6634)
Karstjanin Isukarsta propetoga gledajući pita a on odgovara kristjaninu (Carmen de doctrina u Marulićevu hrvatskom prijevodu) (R 6638)
Cronica Rerum, siue Regum Illirię (R 3254)
Vita divi Hieronymi [ulomci] (R 3459)
Zadar, Državni arhiv
Testamentum Marci Maruli (Splitski arhiv, kutija 56, svezak 64, sveščić 2)
Zadar, Znanstvena knjižnica
Pjesme (Varia Dalmatica – ms. Traguriense) (25290, Ms. 617)
In epigrammata [salonitanski natpisi] (Ms 1098/I)
Regum Dalmatiae atque Croatiae gesta (15820 / Ms. 377 cart. misc. XVII)